凍干機冷凍干燥的升華過程中雖然擱板和制品溫度有很大差距，但由于板溫、凝結器溫度和真空溫度基本不變，因而升華吸熱比較穩定，制品溫度相對恒定。隨著制品自上而下層層干燥，冰層升華的阻力逐漸增大。制品溫度相應也會小幅上升。直至用肉眼已看不到冰晶的存在。此時90%以上的水分已除去。大量升華的過程至此已基本結束，為了確保整箱制品大量升華完畢，板溫仍需保持一個階段后再進行第二階段的升溫。殘余水分與自由狀態的水在物理化學性質上有所不同，殘余水分包括了化學結合之水與物理結合之水。由于殘余水分受到某種引力的束縛，其飽和蒸汽壓則是不同程度的降低，因而干燥速度明顯下降。雖然提高制品溫度促進殘余水分的氣化，但若超過某極限溫度，生物活性也可能急劇下降。保證制品高干燥溫度要由實驗來確定。通常在第二階段將板溫+30℃左右，并保持恒定。在這一階段初期，由于板溫升高，殘余水分少又不易氣化，因此制品溫度上升較快。但隨著制品溫度與板溫逐漸靠攏，熱傳導變得更緩慢，需要耐心等待相當長一段時間。干燥物質呈干海綿多孔狀，殘余水分干燥的時間與大量升華的時間幾乎相等有時甚至還會超過。
小型凍干機工作原理：
小型凍干機是將含水物品預先凍結，然后將其水分在真空狀態下升華而獲得干燥物品的一種技術方法。經冷凍干燥處理的物品易于較長時期保存，加水后能恢復到凍干前的狀態并保持原有的生化特性。對于熱敏物質如抗菌素、疫苗、血液制品、酶激素和其它生物制品，冷凍干燥技術更能顯示其*性。
小型凍干機在準備停機的時候要注意的事項有：
1.凍干機停機前的氣壓數值和溫度必須紀錄在案；
2.按住凍干機控制面板的充氣閥，同時應該立即關閉真空泵；
3.打開有機玻璃罩，取出樣品須等到氣壓數顯為大氣壓；
4.要關閉的時候，應按住總開關鍵三秒以上，后才關閉凍干機的總電源開關；
5.在冷阱中的水*化成水后，可以打開出水閥，然后用干布將冷阱內壁清潔干凈，后還要記住大張濾紙防塵。
小型凍干機核心系統的維護：
1.凍干機的壓縮機每天至少用手觸摸一次，正常為水涼、結霜；
2.干燥過濾器每一星期用手摸兩側溫差，溫差不宜很大（進口熱、出口涼則需要更換）；
3.若發現壓縮機有異常聲音及發熱應盡快與廠家售后說明；
4.檢查電器控制系統吹掃灰塵，緊固接線端（注意必須在斷電下進行）；
5.凍干機外表需定期用干凈毛巾擦除設備表面油污、塵埃。清除安裝冷干機、空壓機地面的灰塵及油污，保持環境整潔。
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